Die Schulkommission hat gesetzlich definierte Aufgaben wie die regelmässige Qualitätsüberprüfung und Strategiefestlegungen. Sie unterstützt den Rektor bei der Überführung von Lehrpersonen in das unbefristete Anstellungsverhältnis und wirkt bei der Wahl neuer Schulleitungsmitglieder mit.
Die Mitglieder der Kommission werden vom Regierungsrat gewählt. Die Zusammenarbeit mit der Schulleitung ist eng – und doch beschränkt sich das Wirken der Schulkommission, vergleichbar mit einem Verwaltungsrat, schwergewichtig auf die strategische Ebene.
Alle sechs Mitglieder der Schulkommission der Kantonsschule Seetal stammen aus der Region Seetal und sind lokal gut vernetzt. Dies ermöglicht eine Einflussnahme der Schulkommission zugunsten der Schule bei Themen, die lokalpolitisch relevant sind. Das Team ist bewusst heterogen zusammengesetzt: Jedes Mitglied bringt nebst seiner Persönlichkeit auch berufliche Erfahrungen mit, auf welche die Kommission zur Entscheidungsfindung angewiesen ist.